Die Höhlenkirche von Panagiá liegt am Eingang der 2 km langen Schlucht Martsalos und ist nur zu Fuß erreichbar. Die Schlucht endet an einem malerischen Palmenstrand am Libyschen Meer. Um die Kirche herum befinden sich noch Höhlen und Schlafsäle der Einsiedler.
Die Gebäude können bis in die Frühchristlichen Zeiten zurückdatiert werden. Die Kirche diente den ersten Christen als Katakombe, als Refugium und Schutzort vor denen, die die Christen verfolgten.
In der Höhle findet man viele Fresken und eine eindrucksvolle, natürliche Kuppel, von der ein riesiger Kronleuchter hängt. Es wird angenommen, dass die Kirche auf einer Minoischen Grabstätte gebaut wurde, da sie eine kegelartige Form aufweist, die an einen Ofen erinnert.
